В дополнение к физическому дискомфорту, связанному с пересадкой костного мозга, существует также эмоциональный и психический дискомфорт. Некоторые пациенты находят, что психологический стресс в этой ситуации для них - даже более тяжел, чем физический дискомфорт. 

Психологический и эмоциональный стресс связан с несколькими факторами.
Во первых, пациент, подлежащий пересадке костного мозга, уже травмирован тем фактом, что он страдает болезнью, угрожающей его жизни.

Хотя пересадка дает ему надежду на излечение, перспектива подвергнуться длительной, тяжелой медицинской процедуре, не гарантирующей  успеха, не радует.

Во вторых, пациенты, подвергающиеся пересадке, могут чувствовать себя весьма одинокими и изолированными. Специальные меры, принятые, чтобы защитить больных от инфекции, в то время как их иммунная система нарушена, могут вызывать ощущение, что они оторваны от всего остального мира и почти от всех обычных человеческих контактов.

Пациенты находятся в отдельной изолированной палате, иногда со специальным фильтрующим воздух оборудованием, чтобы  очистить его от загрязнений. 
Число посетителей ограничено, и они обязаны надевать маски, перчатки и защитную одежду, чтобы ограничить распространение бактерий и вирусов, когда посещают больного.

Когда пациент покидает палату, он обязан надевать перчатки, халат и маску, которые являются барьерами против инфекции.
Это чувство изоляции испытывается пациентом как раз тогда, когда он максимально нуждается в физическом контакте и поддержке со стороны семьи и друзей.

Ощущение беспомощности - это также обычное переживание среди пациентов, подвергнувшихся пересадке костного мозга, вызывающее у них чувство гнева или негодования.
Для многих из них - нетерпимо ощущение, что их жизнь полностью зависит от посторонних людей, независимо от того, насколько те могут быть компетентны в своем деле.

Факт, что большинство пациентов не знакомы с терминологией, используемой медицинским персоналом для обсуждения процедуры пересадки, также добавляет  чувство беспомощности. Многие также чувствуют себя неловко, когда вынуждены зависеть от посторонней помощи в ежедневных гигиенических процедурах, типа умывания или пользования туалетом.

Долгие недели ожидания для приживления пересаженного костного мозга, для того, чтобы анализы крови вернулись к безопасным значениям, и для того, чтобы побочные явления, наконец, исчезли - увеличивают эмоциональную травму.

Восстановительный период напоминает американские горки - в какой-то день пациент чувствует себя много лучше, а в следующие несколько - может снова почувствовать себя тяжело больным, как это было в предыдущие дни.